Dopo un' esperienza, da allenatore, nel Milan, viene chiamato dal presidente Massimo Moratti, nella stagione 2010/2011, a sostituire l'esonerato Benitez. In campionato riesce a portare l'Inter nella piazza d'onore, dietro il Milan mentre in Champions League rimedia una brutta eliminazione, ad opera dei tedeschi dello Schalke 04, nei quarti di finale. A parziale consolazione batte in finale di coppa Italia il Palermo conquistando, così, il suo primo trofeo da allenatore. Ma la sua aspirazione è quella di fare il dirigente e a giugno 2011 si svincola dall' Inter e va a fare il D. G. al Paris Saint-Germain.

Stagione	Competizione	V	N	P	Piazzamento
2010/11	Campionato	17	2	4	2° posto
	Coppa Italia	3	2	0	Vittoria
	Champions League	1	0	3	el. 4i di finale