Il 2 giugno 2008, tramite le pagine del suo sito web, la società 

ufficializza l'arrivo di José Mourinho come nuovo allenatore dei 

nerazzurri e promuove Giuseppe Baresi come allenatore in seconda. 

Il 24 agosto l'Inter vince il primo trofeo dell'era Mourinho, la

supercoppa italiana battendo la Roma ai tiri di rigore per 8-7 (r.f. 2-2) 

In campionato la squadra inizia con un pareggio per 1-1 contro la 

 Sampdoria. L'Inter si issa una prima volta in testa alla classifica alla

quarta giornata, vincendo in casa contro il Lecce, ma perde il primo  

primo posto con la sconfitta nel derby contro il Milan. Torna in vetta 

alla settima giornata battendo la Roma all'Olimpico, ma la perde  

nuovamente pareggiando in casa contro il Genoa. Alla decima

giornata è il Milan a conquistare la testa della classifica, ma una 

settimana dopo torna in testa l'Inter battendo in casa l'Udinese. 

Il club nerazzurro mantiene il primato con la vittoria contro il Palermo 

la svolta stagionale è la 13° giornata: a San Siro è attesa la Juventus 

rimasta dietro i nerazzurri da parecchie giornate e che viene sconfitta 

per 1-0. In seguito le vittorie contro Napoli, Chievo e Siena fanno 

terminare all'Inter le prime 17 giornate con 6 punti di vantaggio 

sulla Juventus e 9 sul Milan. I nerazzurri si laureano campioni  

d'inverno con due giornate d'anticipo dalla fine del girone d'andata.

 Per tutto il girone di ritorno l'Inter mantiene sempre un distacco di 

almeno 7 punti sulle inseguitrici Milan e Juventus, andando a vincere 

il derby di ritorno per 2-1 e pareggiando a Torino per 1-1 con i

bianconeri, poi nel mese d'aprile, l'Inter in tre partite totalizza 

 solamente due punti facendo sperare i "cugini" che nel frattempo 

avevano sorpassato al secondo posto una Juventus in calo. 

I nerazzurri rimangono comunque a +7 ed il 16 maggio 2009 grazie 

alla sconfitta del Milan con l'Udinese nell'anticipo della 36esima 

giornata l'Inter diventa matematicamente Campione d'Italia per la 

17esima volta nella sua storia, agganciando i rossoneri nel palmarès 

italiano; le ultime tre partite, ormai senza nessun significato, vedono 

l'Inter vittoriosa contro Siena e Atalanta e sconfitta a Cagliari, da

segnalare che con 25 gol segnati, Ibrahimovic vince la classifica

dei cannonieri.

In Coppa Italia i nerazzurri, dopo aver sconfitto il Genoa per 3-1 e la

 Roma per 2-1, stavolta, dopo quattro finali consecutive, si fermano 

in semifinale eliminati dalla Sampdoria, sconfitta per 3-0 a 

Marassi e vittoria, inutile, per  1-0 a San Siro. 

In champions league l'Inter viene inserita un girone piuttosto agevole 

con Panathinaikos, Anorthosis e Werder Brema. Colleziona una

 vittoria esterna, un pareggio in casa e va vicina alla qualificazione 

come prima classificata con il successo sull'Anorthosis, ma nelle 

successive partite di ritorno incappa in una serie di risultati negativi 

che ne compromettono la qualificazione come prima: pareggio in casa 

dell'Anorthosis, sconfitta interna con il Panathinaikos e sconfitta 

esterna con il Werder Brema. I nerazzurri si fanno superare, quindi, 

dal Panathinaikos, ottenendo in totale 8 punti con 8 gol fatti e 7 subiti 

e risultando la peggiore seconda della Champions League.

Il 24 febbraio si gioca l'attesa sfida contro i campioni del mondo in 

carica, gli inglesi del Manchester United, a Milano la partita si 

conclude senza reti, con gli inglesi che hanno le migliori occasioni. 

Nella gara di ritorno a Manchester l'Inter subisce gol dopo quattro 

 minuti reagisce e colpisce due legni, ma alla fine si qualificano i Red

Devils, che nel secondo tempo trovano anche il raddoppio