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Il 2 giugno 2008, tramite le pagine del suo sito web, la società ufficializza l'arrivo di José Mourinho come nuovo allenatore dei nerazzurri e promuove Giuseppe Baresi come allenatore in seconda. Il 24 agosto l'Inter vince il primo trofeo dell'era Mourinho, la supercoppa italiana battendo la Roma ai tiri di rigore per 8-7 (r.f. 2-2) In campionato la squadra inizia con un pareggio per 1-1 contro la  Sampdoria. L'Inter si issa una prima volta in testa alla classifica alla quarta giornata, vincendo in casa contro il Lecce, ma perde il primo  primo posto con la sconfitta nel derby contro il Milan. Torna in vetta alla settima giornata battendo la Roma all'Olimpico, ma la perde  nuovamente pareggiando in casa contro il Genoa. Alla decima giornata è il Milan a conquistare la testa della classifica, ma una settimana dopo torna in testa l'Inter battendo in casa l'Udinese. Il club nerazzurro mantiene il primato con la vittoria contro il Palermo la svolta stagionale è la 13° giornata: a San Siro è attesa la Juventus rimasta dietro i nerazzurri da parecchie giornate e che viene sconfitta per 1-0. In seguito le vittorie contro Napoli, Chievo e Siena fanno terminare all'Inter le prime 17 giornate con 6 punti di vantaggio sulla Juventus e 9 sul Milan. I nerazzurri si laureano campioni  d'inverno con due giornate d'anticipo dalla fine del girone d'andata. Per tutto il girone di ritorno l'Inter mantiene sempre un distacco di almeno 7 punti sulle inseguitrici Milan e Juventus, andando a vincere il derby di ritorno per 2-1 e pareggiando a Torino per 1-1 con ibianconeri, poi nel mese d'aprile, l'Inter in tre partite totalizza  solamente due punti facendo sperare i "cugini" che nel frattempo avevano sorpassato al secondo posto una Juventus in calo. I nerazzurri rimangono comunque a +7 ed il 16 maggio 2009 grazie alla sconfitta del Milan con l'Udinese nell'anticipo della 36esima giornata l'Inter diventa matematicamente Campione d'Italia per la 17esima volta nella sua storia, agganciando i rossoneri nel palmarès italiano; le ultime tre partite, ormai senza nessun significato, vedono l'Inter vittoriosa contro Siena e Atalanta e sconfitta a Cagliari, dasegnalare che con 25 gol segnati, Ibrahimovic vince la classificadei cannonieri.In Coppa Italia i nerazzurri, dopo aver sconfitto il Genoa per 3-1 e la Roma per 2-1, stavolta, dopo quattro finali consecutive, si fermano in semifinale eliminati dalla Sampdoria, sconfitta per 3-0 a Marassi e vittoria, inutile, per  1-0 a San Siro. In champions league l'Inter viene inserita un girone piuttosto agevole con Panathinaikos, Anorthosis e Werder Brema. Colleziona una vittoria esterna, un pareggio in casa e va vicina alla qualificazione come prima classificata con il successo sull'Anorthosis, ma nelle successive partite di ritorno incappa in una serie di risultati negativi che ne compromettono la qualificazione come prima: pareggio in casa dell'Anorthosis, sconfitta interna con il Panathinaikos e sconfitta esterna con il Werder Brema. I nerazzurri si fanno superare, quindi, dal Panathinaikos, ottenendo in totale 8 punti con 8 gol fatti e 7 subiti e risultando la peggiore seconda della Champions League.Il 24 febbraio si gioca l'attesa sfida contro i campioni del mondo in carica, gli inglesi del Manchester United, a Milano la partita si conclude senza reti, con gli inglesi che hanno le migliori occasioni. Nella gara di ritorno a Manchester l'Inter subisce gol dopo quattro  minuti reagisce e colpisce due legni, ma alla fine si qualificano i RedDevils, che nel secondo tempo trovano anche il raddoppio