Allenatore della squadra primavera dell' Inter dalla stagione 2014/15, viene chiamato in prima squadra, a novembre 2016, per sostituire temporaneamente l'esonerato Frank de Boer. Sconfitta contro il Southampton in Europa League, vittoria con il Crotone in campionato e ritorno alla primavera lasciando il posto in panchina a Stefano Pioli. A tre giornate dalla fine del campionato viene richiamato sulla panchina della prima squadra a sostituire l' esonerato Stefano Pioli.

Stagione	Competizione	V	N	P	Piazzamento
2016/17	Campionato	3	0	1	7° posto
	Coppa Italia	0	0	0	-
	Europa League	0	0	1	ad interim