Allenatore dal 1999, a novembre 2016 viene chiamato a guidare l' Inter in sostituzione dell'esonerato Frank de Boer. Dalla tredicesima e fino alla ventinovesima giornata è una bella Inter quella messa in campo da Pioli, poi qualche cosa si rompe in seno della squadra e dopo la sconfitta a Genova, contro il Genoa, a tre giornate dalla fine del campionato, viene esonerato e al suo posto è chiamato Stefano Vecchi.

Stagione	Competizione	V	N	P	Piazzamento
2016/17	Campionato	12	3	8	esonerato
	Coppa Italia	1	0	1	eliminato ai quarti
	Europa League	1	0	1	eliminato ai gironi